系列作中的第二个剧场版动画并且同时上映2D电影和3D电影，较特别的是与第一作电影一样在12月23日上映。可以和Wii游戏‘闪电十一人 王牌前锋’连动。此外，一些于动画版中暂未登场之前代角色也会于本作登

ホーリーロードでの戦いを終え、主人公・松風天馬は、サッカーを子供たちに教えるため、沖縄にいた。 その活動を終えて、雷門に戻ってきた天馬は、サッカー棟に向かい、部員を探すが見当たらない。そこに不思議な風貌の少年「アルファ」が現れる。「お前からサッカーを消去する」200年後の未来から来たという彼らの目的は、サッカーをこの世から消去する事。圧倒的な力で打ちのめされる天馬だが、謎の少年フェイに助けられる。天馬達はサッカーの消去を阻止すべく、時空をめぐる冒険に旅立つのだった。

第三期 银河时空之石事件之后，在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是在其他学校首次踢球的运动选手，他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢？此队与剧场版《闪电十一人GO VS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系，是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。除了雷门的三巨头外，其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来，且八人均是踢足球的新手。目前新生闪电日本队没有板凳成员。在世界大赛中禁止使用化身（所以更别说极限和体了）。在第一主题曲中有出现的国家

系列作中的第二个剧场版动画并且同时上映2D电影和3D电影，较特别的是与第一作电影一样在12月23日上映。可以和Wii游戏‘闪电十一人 王牌前锋’连动。此外，一些于动画版中暂未登场之前代角色也会于本作登